本书是Springer/Humana出版社出版的《分子生物学方法》（Methods in Molecular Biology）系列丛书之第2456卷，主要介绍了基于质谱分析的蛋白质组学技术在系统生物学研究中的应用，着重于技术方法，辅以相关理论及注意事项。在研究对象方面，涵盖了目前生物或医药研究领域常用的细菌、真菌、植物、动物和人类等物种；包括了组织、细胞、细胞器、分子等不同层面的蛋白质组学，还包括了健康（生理）或疾病（病理）状态下蛋白质组的变迁。在研究过程方面，从起初的样本制备（甚至更早期的植物样本培育），到中间的样本处理和检测、数据采集和分析，再到最后的深度挖掘，给读者一个全链条的逐步操作指南。对于一些重要的操作环节，则通过“注释”的方式进一步拓展，帮助更深入地了解相关步骤的关键或其理论支撑。本书除作为蛋白质组学专业人员或质谱领域技术人员的操作指南外，还可帮助其他专业领域的人员如何通过该技术解决本专业遇到的技术问题。
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先后主持国家自然科学基金面上项目五项、973前期研究专项和山东省杰出青年基金各一项。
目录
第一章 蛋白质组学实验流程中的隐蔽成本 1
Aicha Asma Houfani and Leonard James Foste
第二章 基于dia-PASEF技术和高通量质谱的蛋白质组学 9
Patricia Skowronek and Florian Meier
第三章 小鼠脑组织去垢剂不溶性蛋白质的分离及数据非依赖性采集定量分析 18
Cristen Molzahn, Lorenz Nierves, Philipp F. Lange, and Thibault Mayor
第四章 啮齿动物肺组织样品制备和鸟枪法蛋白质组学分析 33
Hadeesha Piyadasa, Ying Lao, Oleg Krokhin, and Neeloffer Mookherjee
第五章 用于细菌蛋白质组学分析的蛋白质纯化和消化方法 40
Nicole Hansmeier, Samrachana Sharma, and Tzu-Chiao Chao
第六章 利用靶向胞膜的Subtiligase绘制细胞表面蛋白水解图谱 46
Aspasia A. Amiridis and Amy M. Weeks
第七章 组织和液体活检样本的N末端组学 55
Anthonia Anowai, Sameeksha Chopra, Barbara Mainoli,Daniel Young, and Antoine Dufour
第八章 HUNTER：通过N端富集对微量样本蛋白水解系统进行表征的高灵敏自动方案 62
Anuli C. Uzozie, Janice Tsui, and Philipp F. Lange
第九章 胰岛的磷酸化蛋白质组学和细胞器蛋白质组学 80
Ozum Sehnaz Caliskan, Giorgia Massacci, Natalie Krahmer, and Francesca Sacco
第十章 真菌病原体全磷酸化谱分析及磷酸化蛋白质组学样品制备 91
Brianna Ball, Jonathan R.Krieger, and Jennifer Geddes-McAlister
第十一章 以糖肽为中心的微生物糖蛋白质组表征方法 99
Nichollas E. Scott
第十二章 利用多蛋白质组学数据开展整合集成网络探究 111
Rafe Helwer and Vincent C. Chen
第十三章 啤酒酵母分子复合体的单步亲和纯化方法及靶向交联质谱分析 119
Christian Trahan and Marlene Oeffinge
第十四章 微管相关蛋白结构分析的交联质谱方法 135
Atefeh Rafiei and David C. Schriemer
第十五章 应用生物素邻近标记技术对核受体进行互作组学作图 143
Lynda Agbo, Sophie Anne Blanchet, Pata-Eting Kougnassoukou Tchara, Amélie Fradet-Turcotte,and Jean-Philippe Lambert
第十六章 通过蛋白质组学数据库挖掘揭示功能性假基因 155
Anna Meller and Francois-Michel Boisvert
第十七章 细菌病原体-宿主互作蛋白质组学分析揭示新型抗菌策略 162
Arjun Sukumaran and Jennifer Geddes-McAlister
第十八章 沙门菌感染致小鼠巨噬细胞“修饰膜”蛋白质组学解析 169
Tzu-Chiao Chao, Samina Thapa, and Nicole Hansmeier
第十九章 互作蛋白质组学在分子制药中的应用 177
Ni cholas Prudhomme, Jonathan R.Krieger, Michael D. McLean,Doug Cossar, and Jennifer
Geddes-McAlister
第二十章 对小麦赤霉病发病机制的无标记定量蛋白质组学分析 185
Boyan Liu, Danisha Johal, Mitra Serajazari, and Jennifer Geddes-McAlister
第二十一章 数据非依赖型采集蛋白质组学和机器学习帮助快速鉴定生物样本中的细菌类别 193
Florence Roux-Dalvai, Mickael Leclercq, Clarisse Gotti, and Arnaud Droit
第二十二章 新型生物信息学策略促进动态宏蛋白质组学研究 206
Caitlin M. A. Simopoulos, Daniel Figeys, and Mathieu Lavallée-Adam
第二十三章 MaxQuant模块鉴定多肽基因组变异的应用 218
Pavel Sinitcyn, Maximilian Gerwien, and Jürgen Cox
第二十四章 真菌种群的非靶向代谢组学分析 224
Thomas E. Witte and David P. Overy
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